Si las primeras protestas institucionales se consumaron a través de la Diputación Provincial de Burgos o del Ayuntamiento de Briviesca a comienzos de 1934, la voz de alarma saltó en la prensa tan solo dos días después del decreto que preveía la instalación de la colonia docente de trabajo, esto es, el 7 de noviembre de 1933. Y lo hacía, curiosamente, en el rotativo El Día de Alicante en primera plana. Si algo llama la atención en el artículo es el tono empleado para defender la integridad de nuestra abadía y denunciar el desmán que se pretende cometer. En primer lugar carga contra el Ministro de Justicia al que responsabiliza de la decisión tomada «…ya que sus frecuentes viajes de propaganda electoral, visitas de amigos y correligionarios no le habrán dejado tal vez unos cuantos minutos para reflexionar sobre este asunto.» A continuación se detiene en ponderar la magnificencia de la abadía, «…que sirve de asilo a nuestros reyes y guerreros donde encontraron la tranquilidad y el reposo, después de una vida azarosa en constante lucha contra el invasor musulmán…» Se queja que «… será pronto convertido en residencia de gente maleante y espíritu perverso que en un plazo muy breve llenarán sus muros de escritos obscenos, producto de su mentalidad degenerada». La parte final, en la que culpabiliza a los gobernantes, os la dejamos en la reproducción inferior ya que es mejor leerla de forma literal.
El Diario de Burgos, en su edición del 8 de noviembre de 1933, y firmado por José María de Encio publica el artículo ¿Un monumento convertido en colonia de vagos?. Claramente se opone a este nuevo destino y ofrece como alternativa su conversión en Universidad de Verano. Siente «…escalofríos pensar los estragos que una colonia de vagos, es decir, la hez de la sociedad, con su peculiar incultura, puede causar en tan espléndido monumento.»
Tendrán que pasar más de dos años y medio desde la publicación del decreto que establecía la conversión en una Colonia Docente de Trabajo hasta la arribada de los primeros internos. Una disposición de la Dirección General de Prisiones con fecha de 1 de junio de 1936 encomienda su organización al jefe superior del Cuerpo de Prisiones, don José Martínez Elorza. Seis días después llegaba a Oña un centenar de vagos y maleantes custodiados por Guardias de Asalto y procedentes de la prisión celular de Madrid, tal y como refleja El Heraldo de Zamora en su número del 19 de junio. Su trabajo inicial consistirá en la limpieza de jardines, cultivo de tierras, obras de derribo, carpintería, construcción, irrigación, e incluso la propia vigilancia ya que será una selección de los propios internos quienes actúen de guardias de sus compañeros e impidan cualquier intento de fuga. Cabe recordar que para vigilar a cerca de 150 internos en un espacio de diez hectáreas se contaba con tan solo seis oficiales de prisiones.
Por las declaraciones del director, el estado que se encontraron al llegar fue lamentable, asemejando unas ruinas históricas para la sola contemplación de los turistas. Los jardines eran pasto de la maleza y el abandono se había apoderado de todo. Pero pronto la situación torno. Los estanques pasaron a ser un verdadero alarde de transparencia. Se desbrozaron patios. O se hicieron pruebas con semillas en las nuevas tierras roturadas .
El Diario de Burgos dedicó los días 16, 17, 18 y 20 de julio de 1936, otros tantos artículos firmados por Cardiel todos ellos titulados Vagos y Maleantes. Las interrogantes planteadas en los dos primeros, ¿es adecuado el lugar? y ¿fue el sitio bien elegido?, encuentran respuesta en el tercero al afirmar que se trata de una gran equivocación por dos motivos. El primero porque «…un lugar tan bello y apacible no debe ser disfrutado por tales gentes…», y el segundo por la poca extensión del recinto frente al numeroso grupo de internos que se espera recibir.
Pero la estancia se puede calificar de meramente testimonial ya que iniciada la rebelión militar de julio de 1936 se eliminó la Colonia y su director, Martínez Elorza, fue detenido y ejecutado en Valladolid. A finales de agosto de ese mismo año se inaugura un nuevo destino para la antigua abadía de san Salvador, hospital de guerra.