Para comenzar la explicación de la llegada de los jesuitas a Oña es necesario retrotraerse a la noche del 31 de marzo de 1867 cuando, de manera inesperada y sorpresiva, Carlos III decretó la clausura de todas las casas de los jesuitas en España, la incautación de sus bienes y el exilio, entre otros muchos países a Francia. Las razones esgrimidas para la expulsión fueron el servir a la curia romana en detrimento de las prerrogativas reales, simpatizar con la teoría del regicidio o haber incentivado el motín de Esquilache.
Pero en Francia pronto comenzaron los problemas. El clima político anticlerical de la Tercera República Francesa, que se agravó en 1875 con la victoria de los republicanos en las urnas, obligó a los jesuitas a comenzar los preparativos para la búsqueda de casas en España en la que alojar a los posibles futuros exiliados en lo que habría de convertirse en una contraexpulsión. En España esta vez las circunstancias eran favorables ya que la Restauración inaugurada en 1874 presentaba rasgos de solidez y la Constitución de 1876 no resultaba contraria a los católicos.
Los superiores de la Provincia de Castilla comenzaron a buscar casas en 1876 y el recorrido no estuvo exento de problemas y obstáculos. Se requerían como mínimo dos casas grandes, una para noviciado y otra para colegio de filosofía y teología . Muchas y diversas fueron las opciones que se barajaron, Murcia, Córdoba, Palencia, La Rioja, etc. No fue hasta el 1 de marzo de 1878 cuando la opción de nuestra villa burgalesa de Oña comenzó a tomar cuerpo y ventaja sobre el resto. Entre las ventajas que ofrecía se encuentran la amplitud del edificio, la fértil huerta, su lejanía de grandes urbes conveniente para tiempos de revolución, y su propiedad privada propicia favorable a la venta. Pero también tenía sus contras como el elevado precio exigido y el deterioro del edificio.
El encargado de gestionar la compra fue el P. Agustín Delgado, superior de la residencia de Valladolid, a quien se le dieron poderes para ofrecer hasta 20.000 duros. Este precio pareció escaso a los vendedores que llegaron a pedir hasta 45.000 duros. El trato entró en un compás de espera hasta que en mayo de 1880 la expulsión de los jesuitas de Francia envalentonó a los vendedores sabedores de la necesidad de los religiosos por encontrar acomodo. Ante ello se sacó a subasta el monasterio pero resultó un fracaso ya que tan solo se presentaron dos postores (agentes de los jesuitas) que ofrecieron 10.000 y 11.000 duros. Ante este fracaso los vendedores finalmente cedieron a las pretensiones de los jesuitas y pactaron su venta de la siguiente manera. Los señores Andividria y Yagüez vendieron una viña, el molina, la huerta y el monasterio por 117.544 pesetas. Las señoras Inés Asenjo y Florencia Bóveda una casa y una pequeña huerta por 7.456 pesetas.
La propiedad adquirida no se puso a nombre de la Compañía de Jesús, que en estos momentos no estaba jurídicamente reconocida y carecía de capacidad legal para obtener posesiones, sino de cuatro jesuitas que la adquirían «mancomunada y solidariamente».
El 8 de julio de 1880 el superior P. Portes recibe la orden del nuevo Provincial de preparar la casa de Oña. Para ello se hizo acompañar del H. Ignacio Gárate como cocinero y del P. Antonio Martínez como ayudante. En Oña se le juntarían varios religiosos más llegados de Loyola. Fue la noche del 17 de julio cuando los primeros jesuitas durmieron en Oña y mediante el sencillo acto de bendición de la cena quedaba constituida la comunidad jesuítica en Oña. Poco antes de comenzar el nuevo curso, el 27 de septiembre de 1880, se obtuvo el reconocimiento del gobierno español para Oña de «Colegio de Misioneros para Ultramar».
Se inicia en estos momentos la anhelada repatriación de los jesuitas españoles que en 1868 sufrieron los rigores del exilio, mientras que sus homólogos franceses harán el camino inverso que les obligará a instalar en España sus casas de formación.